北交所实行以注册制为核心、适配专精特新中小企业的差异化证券交易制度，整体采用公司制架构，依托新三板创新层升级而来，交易规则、涨跌幅、准入门槛均区别于沪深交易所，是A股市场中波动空间更大、门槛更高的特色交易体系。
北交所核心制度为全面注册制，上市审核流程简化高效，设置四套差异化上市标准，最低市值门槛仅2亿元，对盈利、营收、研发投入等指标灵活适配，大幅降低中小企业上市难度，同时保留严格的信息披露监管，要求企业及时披露经营数据与重大事项，兼顾融资效率与市场规范，与币圈项目白皮书披露逻辑形成监管层面的本质区别。
北交所实行T+1交割机制，日常涨跌幅限制30%，新股上市首日不设涨跌幅，盘中涨跌触发30%、60%阈值时临时停牌10分钟，单笔申报100股起步且支持1股递增，大宗交易单笔门槛为10万股或100万元，价格笼子限制买入报价不超基准价5%、卖出报价不低于基准价5%，整体波动空间高于科创板20%与主板10%，更接近币圈高波动特征但受严格监管约束。
投资者准入制度明确要求个人投资者满足20个交易日日均资产50万元与2年以上交易经验，机构投资者无门槛限制，已开通科创板权限可直接豁免资产与经验审核，该制度通过高门槛筛选风险承受能力较强的投资者，降低市场非理性波动，与币圈无门槛全民参与形成鲜明对比，同时北交所实行现金申购按比例配售打新规则，资金量决定配售份额，无市值配售要求，打新机制更直接高效。
组织架构上北交所为国内首家公司制证券交易所，区别于沪深交易所会员制模式，治理结构更贴合国际资本市场惯例，监管层面取消ST标识仅保留ST风险警示，退市标准相对宽松，给予中小企业更长的整改缓冲期，股权激励、现金分红等规则灵活度更高，整体制度设计围绕中小企业成长周期打造，兼顾高风险高收益属性与合规监管底线。
